يقسم الاستيطان في جعدة المغارة إلى ثلاث مراحل.
الأولى تتميز بمجموعة منازل مستطيلة الشكل معزولة عن بعضها ومنفصلة بفراغات واسعة من دون غطاء ويؤكد وجود الأعمدة المثقوبة أن الأبنية من الطراز الخفيف وهي مبنية من مواد قابلة للزوال.
بالإضافة إلى بيت دائري كبير قطره 7,5م محفور جزئياً بالأرض وله عمود مركزي تستند عليه قطع خشبية وأغصان تشكل السقف ومن المؤكد أنه مبنى عام (بيت العشيرة)، سمى بيت الرسومات وفيه اكتشفت رسوم زخرفية هندسية الشكل رسمت على ثلاثة جدران مؤلفة من أشكال هندسية مرسومة بالأحمر والأسود على أرضية بيضاء.وتعد الأقدم في العالم لرسوم على جدران مبنية من قبل
الإنسان.
تم هجر هذا المبنى في المراحل التالية. ومن ناحية أخرى توسعت بنية المنازل خلال المرحلة الثانية بينما تناقصت خلال المرحلة الثالثة وذلك لان الحفريات ألقت الضوء على الممارسات الجنائزية.
فقد تم دفن الموتى عموماً تحت أرضيات المنازل، وفي المرحلة الثالثة، ضم مبنى خاص بقايا عظمية لأكثر من 70 شخصًا وسمي “بيت الأموات”. كما كشفت دراسة هذه البقايا عن أقدم دلائل معروفة عن مرض السل.
